Раствор трифторида бора в метаноле, 14 мас. % в метаноле (CAS: 373-57-9) является реагентом, используемым для ГХ-анализа риталиновой кислоты. Альтернатива Cl2CHCO2H для синтеза олигомеров с высоким содержанием пуринов. Кислота Льюиса используется при получении геминальных бис-пероксидов из кеталей и еноловых эфиров с трет-бутилгидропероксидом. Реагент, используемый для мягкого деацетилирования аминов. Его использовали при трансметилировании фракций, содержащих 1,2-диацилглицерин (ДАГ), которые очищали с помощью ВЭЖХ. Его можно использовать для обработки липидов во время ГХ-анализа, проводимого для определения метиловых эфиров жирных кислот и диметилацеталей. Трифторид бора-Метанол (BF-M) представляет собой реагент этерификации. BF-M – мощный кислотный катализатор этерификации жирных кислот. Он легко расщепляет ацетилированные красители, образуя свободные аминогруппы. В результате переэтерификации растительных масел, катализируемой BF-M, образуется биодизельное топливо. Используется в качестве катализатора. Это чувствительная к влаге, коррозионная, легковоспламеняющаяся жидкость.